Isabel Allende nació en Lima mientras su padre se desempeñaba como embajador de Chile en Perú. Sus padres se separaron en 1945, su madre retornaba a Chile con ella y sus dos hermanos donde vivió hasta 1953.

Entre 1953 y 1958, su familia residió sucesivamente en Bolivia y Beirut (Líbano). En Bolivia frecuentó una escuela estadounidense y en Beirut estudio en un colegio privado inglés. En 1958 retornó a Chile y se reencontró con Miguel Frías, con quien contrajo matrimonio en 1962.

Desde 1959 hasta 1965 trabajó en la Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación (FAO) en Santiago de Chile. En 1963 nació su hija Paula. Los años siguientes pasó largas temporadas en Europa, residiendo especialmente en Bruselas y Suiza. De retorno a Chile en 1966, nació su hijo Nicolás.

A partir de 1967 tomó parte en la redacción de la revista Paula, al tiempo que publicó artículos sobre diversos temas. Posteriormente realizó diversas colaboraciones para la revista infantil Mampato y publicó dos cuentos para niños La abuela Panchita y Lauchas y lauchones y una colección de artículos titulada Civilice a su troglodita; además trabajó en dos canales de televisión chilenos.

En 1973 estrenó su obra de teatro El embajador. Ese mismo año, se produjo el golpe de Estado encabezado por el general Pinochet, en el que murió su tío. En 1975 se autoexilió con su familia a Venezuela. Allí permaneció 13 años trabajando en el diario El Nacional de Caracas y en una escuela secundaria hasta 1982, y publicó su primera obra teatral La casa de los siete espejos (1975).

En 1981, teniendo su abuelo 99 años y estando el mismo a las puertas de la muerte, comenzó a escribirle una carta que se convirtió en un manuscrito. La casa de los espíritus (1982), su primera novela y, su obra más conocida. Ésta suscitó un gran interés y más tarde fue adaptada al cine (por Bille August) y al teatro.

En 1984, publicó De amor y de sombra, la que rápidamente se convirtió en otro gran éxito y que también fue llevada al cine. Los viajes constantes que emprendió promocionando sus libros hicieron que su matrimonio con Frías llegara a término. Divorciada de su marido, se casó con Willie Gordon el 7 de julio de 1988 en San Francisco.

En 1988, concurrió a votar en el plebiscito que hizo dimitir al General Pinochet. En 1990, con el retorno de la democracia en Chile, fue distinguida con el premio Gabriela Mistral por el presidente Patricio Aylwin. Tras la muerte de su hija Paula, Allende publicó el libro de memorias Paula (1994). Éste está escrito en forma de carta dirigida a su hija, cuando ésta se encontraba en coma en un hospital de Madrid. Son una memoria de sus años de niñez y de exilio. Paula murió de porfiria en 1992.

Actualmente reside en San Rafael (California). Ha sido distinguida en la Academia de Artes y Letras de Estados Unidos.